Năm 1293, vua Trần Nhân Tông đã cho tôn tạo, xây dựng chùa Lân thành một nơi khang trang lộng lẫy, chùa Lân trở thành Viện Kỳ Lân, là nơi giảng đạo, độ tăng. Ba vị sư tổ Trúc Lâm là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang thường đến đây thuyết pháp, giảng kinh. Chùa Lân xưa kia là một trong những ngôi chùa quan trọng nhất trong hệ thống chùa tháp của Thiền phái Trúc Lâm.

Trong kháng chiến chống Pháp, chùa gần như bị thiêu huỷ hoàn toàn, chỉ còn hệ thống các mộ tháp gồm 23 tháp, trong đó tháp lớn nhất là tháp mộ thiền sư Chân Nguyên (1647-1726).